固定综合单价总价可调合同结算时是按实计量吗

我在陕西，我们这项目签的是固定综合单价，总价可调合同，2012年签的合同，现在才办理结算，我们按实计算了工程量编制了结算书报送给甲方，但是甲方说我们的计量方式有误，只能计算变更部分，没有变更的部分即使实际工程量与投标清单上的量有量差，也要按中标清单上的量来，说我们的结算书编制没有依据，要求我们重新编制，不肯进行结算对审工作，我查看了清单计价规范，规范上面明确规定，采用清单计价的，结算必须按实计量，我们认为甲方提出的问题不合理，在故意拖延结算，请问这种情况该如何处理，请有经验的前辈们给出帮助，按照我们的合同以及计价方式，是不是必须按实计量？