建设项目结算审计收费的问题

参与一个项目的结算审计，因项目比较大，有多个标段，每个标段有独立的承包合同，现在我们审计的是整个项目，因审计合同里面的收费标准是按云计价格[2012]66号文件下浮20%收费，因为该文件是根据工程造价金额梯级收费，现在没弄明白的是，计算收费时，是按单个承包合同来计算呢，还是按项目总金额来计算？比如说项目总价1000万，分5个标段，每个标段200万元，如果分开计算的话，每个收费是200万元*4‰*0.8=6400元，总收费是3.2万元。如果按项目总价收费的话，总收费是（200万元*4‰+300万元*3.5‰+500万元*3‰）*0.8=2.68万元，相差还比较大。那种算法比较合理？