结算问题

老师好，我这边遇到的情况是这样的，我司承接的市政项目（国有资金），签订的合同为可调总价合同，计价方式为清单计价，竣工好几年了 ，现在才来搞结算，由于参建人员的流动，好多资料都缺失，施工过程中审计局也未派踪审单位进行跟踪审计。我司前面的预算员已经将资料提交至审计局，审计局也将资料转发至第三方审计公司，现在马上要与第三方审计公司对接，我在查阅上报的资料时发现，1、上报的工程量有的与竣工图上面标志的工程量有的不相符，跟招标清单工程量相符合  2、上报的分项工程有的在竣工图上没有体现出来，但是招标清单上面有，往来联系函也未说明该分项工程是否取消（实质就是工程已经做了，只是竣工图忘记标上去了）。 我的结算思路是，由于签订的是可调总价合同，就只需要把合同、图纸以外发生的工程量加上去，把没有施工的分部分项扣减出来就可以，我担心审计单位的会以竣工图上面的工程量作为结算依据，到时候把没有注明到竣工图上的工程量扣减下来，万一发生这种情况，该怎么应对？望各位老师支支招，感谢了。