关于总承包服务费的计取问题

情况如下：

1、我方为总承包施工企业，关于总承包服务费的问题，我方和甲方签订的合同约定，按甲分包工程合同额的1-3%计取；

2、其中有一个甲分包工程在甲方招标的时候在清单其他费用中列了一项总承包配合费，分包商报的费用为2万元。

问题如下：

1、甲分包工程在招标清单内单列配合费合不合规？

2、甲分包工程单列的配合费严重低于我方合同内要求计取的比例，双方产生分歧，该以哪个为准？

2019-04-14 15:23:17 补充

我方现在正结算阶段，甲分包工程就想直接按2万元的配合费支付给总包方，但是按他们的合同额1-3%也有8.6万-25.9万元，这个差距实在太大。我想找到强有力的法律条文做支撑来说服对方。