招投标文件与合同条款不一致问题的处理

大师们好，刚才我还没有把问题描述清楚，详细情况是这样的：我司施工的一项目现进入结算阶段，结算过程中发现：招标文件中提供了一份合同模板（注：只是一份模板，其他都是空白，不知道是忘记删除了还是其他什么原因，在合同形式那里有一句话注明了：本合同采用单价合同，现在猜测是当时忘记删除了），但我们施工合同签的是总价合同，这样就与招投标文件相矛盾了，这就违背了招投标法，也对其他投标人是不公平的，在合同发角度来说，签订与招标文件不一致的合同就相当于是签的黑白合同，站在审计角度上说也说不过去。现在审计要求按单价合同结算，我司又想用总价合同结算（我们签的是固定总价合同，即工程量全部包死了，最后结算没有施工的就扣减出来，施工图之外的就签证加上去，我只要是按图纸施工，他就没有理由在审减，结算也不用重新算量了）求教下各位老师有什么办法可以弥补吗？（我的想法是可否让招标代理机构出一份证明材料，这份材料出具时间写在投标时间前，让招标代理机构通知业主及各投标单位，合同签订形式具体以甲乙双方协商为准，取消招标文件合同签订条款）