固定总价合同办理竣工结算

目前碰到这样的情况：当初签的固定总价合同（全额垫资项目并且是做完后分期付款），业主找的设计院图纸还未设计，协议书清单上列的是我方按照经验估算的设备及材料清单（只有清单没有详细报价），报价就三条，设备费，安装费及技术服务费。合同上文字性描述了工作内容，主要设备跟后期交付的施工图一致，但是材料，阀门，配电柜，仪表等施工图上比协议书上多了不少（但是协议书上写了以设计图纸为准），我司未办理签证。目前项目已验收，验收单跟资料交接单业主已签字盖章。但是该企业被国资委控股，现国资委要求要办理竣工结算，并出安装费计算书。（合同未写要办理竣工结算，我司同意交付清单审核，不同意交安装费计算书（因当时签合同时为税点考虑将部分设备费移到了安装费）。这种情况下怎么办呢。