咨询个结算中暂列金额问题？

我知道暂列金额是归建筑单位使用，用如应付工程变更增补等不可预见的费用，未用完归还建设单位。。。

现出现以下情况，各位大佬分析分析。。。情况如下：

1、项目拦标控制价是800万（招标期间已公布各项费用组成），其中暂列金额总价是60万（基数是60万，增值税率是0，合计60万）。

2、中标单位合同价是750万，其中暂列金额总价是65.4万（基数是60万，增值税率是9，合计65.4万）。

3、现工程已完工进入结算阶段，例变更增补总金额是100万，现最终结算是（750万-60万+100万）还是（750万-65.4万+100万）。

哪种合理啊？难道因为投标方失误没有更改税率导致要多扣减这个5.4万？