如何办理“问题”决算？

我现在遇到了一个问题想让大家帮忙分析一下，具体情况是这样的：我们的施工合同是综合单价包干，据实结算。清单工程量是甲方提供，单价我们报。合同里面有一条是这样的“在图纸会审之后的一个月内若施工单位没有对工程量清单提出疑问可视为对其的认可，最后竣工时据实结算”，但是我们中标之后并没有在图纸会审之后对工程量清单提出异议。而到现在竣工结算的时候才发现很多问题，一是工程量清单里面的量普遍的比现场实际的量要大；二是工程量清单里面的很多项目现场根本就没有做或者不是属于我们的施工范围；基于这两种原因导致了现在结算的初审总价比中标价低出10%（目前没有出审计核定单），现在一直拖着，请问这样的情况该怎么办？