请教一个审计方面的问题

       有一个项目，实施方案跟批复文件都是六层，招标控制价是按五层算的，实际实施也是五层，控制价是300多万，批复价是500多万，现在工程完工了，要送审，然后审计公司就说不行，项目没按批复实施方案上执行，还没施工完。

         以上是我们公司招的标，但不是我们公司审，我说下我理解的意见不知对不对：结算审计前提是项目必须完工经过竣工验收并合格，那么居然合格了，我才不管你有没按批复上来施工，那是你们业主跟上级领导的事，我们审计只管你结算价跟实际且合理的工程量来审核，当然我说的也不是只要你做了就给你认，也要根据投标清单、合同、签证、联系单、还有设计图等。

         虽然审计时要看你这个项目是否有批复跟实施方案（也就是看项目是否合法），但我个人觉得实际施工是否与批复文件一致，这个不是审计公司管的范畴吧？因为招投标都是按五层来的，又不是说投标六层，你只修五层，所以我觉得这个事跟审计公司没关系，我这样理解对吗？     

        麻烦专家给意见。如果是我来审，我应该怎么做？